La confraria es va iniciar per l’any 1954 amb quaranta-sis penitents, tots ells eren joves decidits a formar un grup processional que acompanyara a la imatge de la “Verge dels Dolors”.
La imatge es deu a l’escultor Antonio García Mengual, de Múrcia. Aquest mostra una clara inspiració mediterrània i la influència del mestre de la imatgeria barroca Salzillo.
En el rostre de “Sant Joan” es poden apreciar trets gitanos que expressa la tendresa d’un xiquet i en la seua mirada d’home tot un sentiment d’amor cap a aquell que mor en la Creu per la salvació del món. Amb el braç estès i el seu dit alçat ens interpel·la al fet que ens fixem en la pena de Jesús i el dolor de la seua mare.
La imatge vas veure túnica verda amb adorns en or i mantell roig que arreplega en el seu braç per a caminar amb pas decidit pels carrers del poble acompanyant a la “Verge Dolorosa”. El cromatisme de la seua indumentària i els plecs sobre el seu cos delaten l’escola del seu artífex.
En els seus orígens, els penitents desfilaven amb vestit compost de capa roja, vesta i caputxó verd en el qual estava brodada l’àguila, emblema de Sant Joan Evangelista. Passats alguns anys a causa de l’augment del nombre de confrares es va substituir la vestimenta per túnica i caputxó blancs i capa groga, desapareixent també el brodat de l’emblema.
L’escultura de Sant Joan va ser pagada inicialment per Bautista Murcia, i el seu cost va ser d’unes 7.000 pessetes.
Molts són les despeses que comporta l’aconseguir que una confraria puga traure al carrer a la seua imatge. Es necessita un tron on situar-la, uns braços de llums que il·luminen el rostre, l’arranjament floral… Pel que es van aliar la religió i la cultura i van formar una companyia teatral per a sufragar els costos, amb la qual van portar a escena obres com “El Geni Alegre”, “ Els Interessos Creats”… totes elles de gran èxit.
Després de diversos anys sense processionar, va haver-hi un grup de persones que van tornar a posar en actiu a la Confraria. Es van canviar els vestits, vestas blanques amb botons grocs, capa i capirotes grocs. Aquest canvi va ser a causa que els vestits anteriors es trobaven en mal estat.
Van tornar anys d’inactivitat, però en 1986, i gràcies al rector de Rafal en aquesta època, D. Joaquin Rodes Roca, i a un grup de joves, la Confraria va tornar a ressorgir. Van restaurar la imatge de “Sant Joan”, que estava molt deteriorada, van arreplegar el tron dels seus inicis, ho van arreglar i van eixir en la processó de Dissabte Sant d’aqueix mateix any.
A l’any següent es va formar un grup més nombrós, la Confraria de la “Verge dels Dolors” va regalar el seu tron, i de nou “Sant Joan” va poder processionar en la Setmana Santa de Rafal.
A partir d’ací s’estableix una Junta Directiva, presidida per Francisco Salazar García. Es van anar a Beniel i van comprar braços nous per al tron i a l’any següent es van fer els blandones amb els quals actualment es processiona.
A poc a poc la Confraria anava augmentant en nombre de confrares i anava realitzant millores.
Ja l’any 2000 es va decidir, després d’una Junta general de confrares, i sent president de la Confraria David Baeza Rodriguez, canviar els vestits existents pels originals.
L’any 2.001 es va comprar un nou tron, ja que l’existent de trobava en mal estat.
